Bagaman hindi kalooban ni Santo Tomas de Villanueva na matanghal na obispo, tinanggap niya ito dahil sa kanyang pagiging masunurin lalo na sa Santa Iglesia. Ibig ni Santo Tomas na manatiling prayle na ang pangunahing gawain ay manalangin at pagnilayan ang Salita ng Diyos. Gayun pa man, nang dumating ang kautusan na siya ang mamumuno sa Sambayanan ng Diyos sa Valencia bilang obispo iginugol niya ang mga sandali sa pananalangin upang matanggap niya ang pagtatakda sa kanya mula sa insperasyon ng panalangin. Hindi naman biro ang haharapin niya bilang obispo. Isa itong bagong buhay na may napakalaking reponsibilidad na idudugtong sa kanya. Minabuti niya na makipagusap sa Panginoon upang pagliwanagan ang daan niyang tatahakin, na lahat ng ipagkakaloob sa kanyang panunungkulan ay maiayon niya sa kalooban ng Panginoon.
Nang ganap na umpisan na niya ang kanyang pamumuno bilang obispo, naging impeksyon siya na humahawa sa iba. Ang kabanalang nananalaytay sa kanya ay agad na nadama ng iba at walang ibang kinahinatnan kundi ang pagbabago tungo sa kabanalan ng lahat ng makatunghay sa kanya.
